全自動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)儀在單細(xì)胞測序中的應(yīng)用
更新時(shí)間:2022-05-31瀏覽:809次
單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)目前正應(yīng)用得如火如荼,比如單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性測序(ATAC-seq)。與傳統(tǒng)的大量細(xì)胞測序方法相比,單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)突出了細(xì)胞之間的差異,有助于更深入地了解樣本材料。例如,scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄圖譜,而ATAC-seq能夠說明染色質(zhì)可接近性及其對(duì)基因表達(dá)的影響。
不過,此類研究都需要對(duì)分離的細(xì)胞核進(jìn)行準(zhǔn)確計(jì)數(shù),因?yàn)槲膸熘苽涞囊笫俏戳呀饧?xì)胞的數(shù)量低,且樣本中不含細(xì)胞團(tuán)塊和碎片。此外,許多單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)都需要完整的細(xì)胞核才能正常運(yùn)行。
臺(tái)盼藍(lán)染色法:
臺(tái)盼藍(lán)染色是常用的對(duì)死活細(xì)胞進(jìn)行分別計(jì)數(shù)的方法之一,染色原理是臺(tái)盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞完整的細(xì)胞膜,故活細(xì)胞不著色;而死亡細(xì)胞的細(xì)胞膜損傷,染料透過細(xì)胞膜在細(xì)胞內(nèi)富集而使細(xì)胞著藍(lán)色。不過,臺(tái)盼藍(lán)染色并不一定能準(zhǔn)確分辨有核細(xì)胞和細(xì)胞碎片,因此它往往低估細(xì)胞總數(shù)而高估細(xì)胞活力。
熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)方法:
吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理:活細(xì)胞經(jīng)AO染色發(fā)出綠色熒光,而死細(xì)胞經(jīng)PI染色發(fā)出紅色熒光。重要的是,對(duì)背景復(fù)雜的細(xì)胞,比如說外周血單個(gè)核細(xì)胞,含有細(xì)胞碎片較多或成簇的細(xì)胞計(jì)數(shù),避免了細(xì)胞碎片的檢測。這種方法最近也應(yīng)用在單細(xì)胞基因組學(xué)應(yīng)用上,其中綠色對(duì)應(yīng)了完整細(xì)胞,而紅色對(duì)應(yīng)了成功分離的細(xì)胞核。這種策略讓研究人員能夠計(jì)算未裂解的殘留細(xì)胞占總細(xì)胞數(shù)的百分比,同時(shí)對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行計(jì)數(shù),提示樣本質(zhì)量,幫助研究人員確定是否繼續(xù)進(jìn)行單細(xì)胞基因組學(xué)流程。